Towards an Ontology Representing Characteristics of Inflammatory Bowel Disease

Khiat, Abderrahmane & Elias, Mirette & Foldenauer, Ann & Koehm, Michaela & Blumenstein, Irina & Napolitano, Giulio. (2020). Towards an Ontology Representing Characteristics of Inflammatory Bowel Disease.

Zum gesamten Paper: https://www.researchgate.net/publication/344543102_Towards_an_Ontology_Representing_Characteristics_of_Inflammatory_Bowel_Disease
DOI:10.13140/RG.2.2.33293.36322

In diesem Artikel realisieren wir das „Patientenmodell“ durch die Entwicklung der Inflammatory Bowel Disease (IBD) Ontologie (d. h. Chronisch-entzündliche Darmerkrankungen). Die IBD-Ontologie wurde aus anonymisierten Daten von 560 Patienten entwickelt, die von der gastroentologischen Ambulanz im CSV-Format zur Verfügung gestellt wurden. Die Daten enthalten 170 Parameter pro Patient, darunter Demographie, Laborergebnisse und klinische Befunde. Sie wurden entsprechend den Anforderungen der Modellierung weiter kuratiert (z. B. Entfernen redundanter Attribute, Korrigieren von Maßeinheiten). Auf Basis dieser Daten wurde in engem Austausch mit den klinischen Experten eine Ontologie als Basis für das Datenmodell und den Wissensgraphen entwickelt. Diese Ontologie charakterisiert die chronisch-entzündliche Darmerkrankung einschließlich diagnostischer Methoden, Medikation, Schweregrad, Arztbesuche und anderer Konzepte. Nach der Erstellung der IBD-Ontologie wurde der Mapping-Prozess implementiert, indem Ontology-Based DataAccess (OBDA) verwendet wurde, um die Datenquellen dem Domänenwissen zuzuordnen. In unserem Fall wird die Datenquelle durch die CSV-Datei bereitgestellt. Der Mapping-Prozess wird mit Ontop implementiert. Dieses Modell wird dann verwendet, um Ärzte dabei zu unterstützen, die therapeutische Entscheidungsfindung und die Kosteneffizienz deutlich zu verbessern.

Mapping approach

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